Minden operációs rendszeren szokásos probléma, hogy a telepítendő programot nem sikerül telepíteni. Ennek jellemző oka, hogy vagy az operációs rendszer, vagy az operációs rendszeren futó már meglévő programok ,,ütköznek'' a telepítendő programmal. A telepítendő programot a szerzők mindig egy vagy néhány feltételezett ,,meglévő'' felhasználói környezetben tesztelik, s ez természetesen nem lehet teljes.
Sok esetben találunk olyan segítő információkat, hogy egy bizonyos operációs rendszer bizonyos verzióival nem működik, vagy nem tökéletesen működik a program. Ilyen esetekben egyfajta megoldás lehet, ha frissítjük az operációs rendszert. Azonban ennek lehet olyan következménye, hogy a gépünkön egyébként korábban működő többi program valamelyike nem fut rendesen, mert nincs felkészítve az operációs rendszer frissített változatára. Ekkor lehetséges, hogy ezen programnak egy új változatát is be kell szereznünk, ami plusz idő esetleg plusz költség.
Általánosságban elmondható, hogy a mai számítógépeken futó szoftvereket nehéz úgy összehangolni, hogy minden kvázi-tökéletesen működjön.typeset@protect @@footnote SF@gobble@opt Tökéletes program nincs: a ma használt programokban nem csak gyakorlatilag, hanem elméletileg is lehetetlen egy bizonyos mennyiség alá csökkenteni a hibák számát. Így a ,,kvázi-tökéletességen'' azt értjük, hogy a használt szoftveregyüttesben nincsenek durva, a használatot messzemenően zavaró hibák. (Apróbb hibák tehát vannak, de a munkánkat csak kis mértékben zavarják.) Sok esetben kísérleteznünk kell, a saját tapasztalainkra vagyunk utalva, hogy megfelelően finomhangoljuk az egyes szoftvereket. Ezt elősegítendő, (elsősorban nyugaton) sok számítástechnikai cég foglalkozik telepítéssel, telepítési szaktanácsadással, természetesen borsos összegekérttypeset@protect @@footnote SF@gobble@opt Egyre inkább úgy tűnik, hogy a szoftverek összehangolása egy új tudományág a számítástechnikán belül. Ha egy oktatási intézmény megteheti, a számítógépek hardver- és szoftverszintű beállítását érdemes olyan szakemberekre bízni, akiknek ez a főfoglalkozásuk. Ezért tanácsos főállású rendszergazdát is alkalmazni, ahogyan ezt sok iskolában már Magyarországon is bevezették. .